二周目开始后，小伙伴们首先要记得去家里找爸爸对话拿船票，这是开启新剧情的关键道具。拿到船票后小田卷博士会帮咱们升级全国图鉴，这样就能遇到更多种类的宝可梦啦。水静市会有新的剧情触发，记得去魅影摩天楼看看，那里经常会有特殊事件发生。打败四大天王后别急着结束游戏，二周目才是真正冒险的开始。
在二周目中很多稀有宝可梦都会出现，建议提前准备好高级球和恢复道具。队伍搭配要更讲究属性平衡，最好准备一支能应对各种情况的队伍。捕捉效率高的道具比如计时球、强力球在后期特别实用，遇到神兽时能大大提高成功率。培养宝可梦时要多关注它们的特殊技能和隐藏特性，这些在二周目的高强度对战中很关键。
对战开拓区是二周目的重要内容，这里会遇到实力强劲的训练家。矿洞挖掘能获得珍贵宝石和稀有道具，记得经常去看看。种植树果也很重要，可以制作特殊药品来应对不同战斗需求。二周目新增的隐藏剧情往往能解锁特殊地点和宝可梦，多和NPC对话总能发现惊喜。
有些宝可梦需要特殊条件才能进化或改变形态，比如雪米需要找到绿碎片才能变成天空形态。特殊地点如oon 山顶需要放入特定颜色的碎片才能触发事件。水都兄妹的捕捉需要正确操作，在南方小岛调查不明物体时要面朝正北方向。这些细节很容易被忽略，但往往关系到能否获得稀有宝可梦。
