五级要塞团的防御体系虽然坚固，但依然存在几个关键弱点。要塞团对空中单位的防御能力较弱，尤其是飞行部队从后方突袭时，地面防御设施往往无法及时反应。要塞团的防御布局通常依赖固定炮塔和地堡，这些设施一旦被针对性摧毁，整体防御力会大幅下降。资源分配不均可能导致某些区域防御空虚，给对手留下可乘之机。
要塞团的防御体系过度依赖地形优势，比如背靠山脉或河流的设计。虽然这种布局能减少防御盲点，但一旦对手绕过自然屏障或从侧翼进攻，防御效果会大打折扣。要塞团内部的兵种搭配如果不够灵活，比如缺乏机动部队支援，很容易被对手的快速突袭战术打乱节奏。步兵和坦克的固定布防也容易被敌方炮兵远程压制。
五级要塞团的另一个弱点是防御设施升级滞后。如果玩家没有及时研发新技术或强化现有建筑，要塞团的防御能力会逐渐落后于对手的进攻水平。反坦克陷阱和炮塔如果没有升级到对应等级，很难抵挡敌方高级兵种的冲击。资源管理不当会导致防御设施建设中断，进一步削弱整体防御强度。
如果联盟成员之间缺乏沟通或兵力调配不及时，敌方可能通过多角度进攻分散防御火力。心理战术和策略欺骗也能有效干扰要塞团的防御判断，比如假动作或佯攻可以诱使防御方暴露薄弱环节。保持信息透明和快速反应是弥补这一弱点的关键。
比如敌方使用工程兵或突击队等特种部队时，要塞团的常规防御可能无法有效拦截。这类单位通常能绕过正面防线，直接破坏核心设施。玩家需要在防御规划中加入反制特种部队的手段，比如布置侦察单位或增设机动巡逻队。
