玩家可以遇到并捕捉三只传说中的神兽：火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟。火焰鸟位于七子岛中一岛火山顶，等级为50级，技能包括火焰漩涡、火焰喷射和高速运动。闪电鸟在无人发电厂内部，同样为50级，掌握电磁波、高速运动和尖头钻。急冻鸟则栖息于双子岛深处，需推石头堵住瀑布后才能遇到，技能包括雷电子、白斩和高速运动。这三只神兽的捕捉难度较高，建议携带高级球和状态异常技能以提高成功率。
通关一周目后，玩家可解锁更多神兽捕捉机会。超梦位于华蓝洞窟最深处，等级高达70级，技能包括心灵、神秘符号和自我再生。捕捉超梦前需确保队伍中有足够强力的宝可梦，尤其是恶系或虫系以抵抗其超能力属性。佐罗亚克在20号道路的草丛中随机出现，但遭遇概率极低，需耐心探索。雷公、炎帝和水君则会在通关后随机出现在关东地区的草丛中，等级均为50级，属性分别为电、火和水。
急冻鸟需在双子岛深处推石堵住瀑布，火焰鸟需先击败道馆馆主布莱以获得火山勋章。闪电鸟的捕捉相对直接，但建议携带地面系宝可梦以免疫其电系攻击。洛奇亚和凤王在特定版本中可通过船票前往彩虹岛触发剧情，等级分别为70级。迪奥西斯需在第九座彩虹岛完成拼图后出现，等级为30级。这些神兽的捕捉不仅需要战术准备，还需合理利用游戏机制。
神兽的捕捉策略需结合属性和状态控制。火焰鸟弱水、岩石和电系，闪电鸟弱地面和冰系，急冻鸟弱火、岩石和钢系。建议使用刀背打击技能将神兽HP降至1点，再配合催眠或麻痹状态以提高捕捉率。高级球、计时球和重复球是首选道具。超梦的抗性较弱，但输出极高，建议优先削弱其HP并避免被其秒杀。队伍中携带会黑眼神或挡路技能的宝可梦可防止神兽逃跑。
神兽的培养价值极高，但需注意部分神兽在联赛中禁用。火焰鸟和急冻鸟的双属性在战斗中优势明显，超梦的特攻种族值冠绝全游戏。捕捉后可通过提升亲密度和个体值进一步强化战力。一周目神兽的分布和捕捉条件已较为明确，玩家可依据攻略逐步完成收集。
